Tonwaren aus der Jungsteinzeit zeigen, dass das Gebiet um Seoul seit mindestens 3.000 Jahren bewohnt ist. Frühzeitliche Überreste sind vor allem aus Gangdong- und Songpa-gu bekannt.
Die Geschichte von Seoul als Hauptstadt kann bis 18 v. Chr. zurückverfolgt werden. In diesem Jahr baute das neu gegründete Königreich Baekje in diesem Gebiet seine Hauptstadt Hanyang (한양, 漢陽), gelegen direkt am Hangang. Aus dieser Zeit gibt es noch immer Überreste der Stadtmauer. 475 wurde die Hauptstadt nach Gongju verlegt und das Königreich Goguryeo übernahm die Kontrolle über das Gebiet. Weniger als hundert Jahre später erkämpfte sich das Silla-Reich die Kontrolle über das Gebiet. Während der Sillazeit war Seoul vermutlich nur ein kleines Dorf namens Hansanju.
Regierung der Goryeo-Dynastie
Im späteren Teil der Goryeo-Dynastie wuchs die Bedeutung von Seoul. Man glaubte damals, dass das Reich, welches den Hangang kontrollierte, die Vorherrschaft über die ganze Koreanische Halbinsel gewinnen könnte, da der Fluss schon damals eine zentrale Verkehrsader war. Aus diesem Grunde machte das Goryeo-Reich die Stadt zur „südlichen Hauptstadt“ (Namgyeong), sowie zum Verwaltungssitz für die umliegenden Gebiete. Zwischen dem 11. und 14. Jahrhundert wurden verschiedene Palastbauten in Seoul errichtet, von denen der wichtigste der heute noch erhaltene Changgyeonggung-Palast ist. Er diente wahrscheinlich als Sommerpalast. Die eigentliche Hauptstadt war aber, abgesehen von sehr kurzen Abschnitten, das ungefähr 60 km weiter nordwestlich liegende heutige Kaesŏng.
Herrschaft der Joseon-Dynastie
Yi Song-gye beendete 1392 die Herrschaft Goryeos, gründete die Joseon-Dynastie und beschloss, die Hauptstadt zu verlegen. Einer Gründungsgeschichte nach begann er mit dem Bau am Fuße des Gyeryongsan, doch Geomanten fanden heraus, dass dieser Ort für die Hauptstadt einer zukünftigen Dynastie bestimmt sei. Daher wurde am 29. November 1394 Hanyang zur Hauptstadt Koreas ernannt und mit dem Bau eines neuen Palastes, des Gyeongbokgung, Tempeln und Stadtmauern begonnen. Die Mauer war 18 km lang und verband die vier Berge Bugaksan, Inwangsan, Namsan und Naksan, die die Stadt umgeben. Dort steht sie teilweise noch heute. Auch die wichtigsten Stadttore sind erhalten geblieben. Zwei der Tore, Sungnyemun (häufig Namdaemun genannt) und Dongdaemun, sind weitläufig bekannt. Die Tore wurden täglich geöffnet und geschlossen. Eine laute Glocke wurde geläutet um dies zu signalisieren.
Weitere Palastbauten folgten. Von 1405 bis 1412 wurde der Changdeokgung-Palast errichtet, 1616 der Gyeonghuigung. Der Name der Stadt wurde später in Hanseong (한성, 漢城) geändert. Obwohl die Stadt durch ihre Lage gut zu verteidigen war und durch starke Mauern geschützt war, wurde sie im Imjin-Krieg 1592 von den Japanern erobert, 1635 wurde sie von den Mandschuren eingenommen. Erst unter der Herrschaft König Yeongjos (1724–1776) blühte die Stadt wieder auf, da sie ihre gute Position am Hangang ausspielen konnte. Sie wuchs zu dem wichtigsten Handelszentrum heran.
1872 zog der König zurück in den Gyeongbokgung. Dieser Palast war nach der Zerstörung im Imjin-Krieg lange verfallen und war erst 1865 wiederaufgebaut worden. In der Zwischenzeit hatte der ursprünglich nicht dafür gedachte Changdeokgung als Regierungssitz fungiert.